Para contribuir al control de archivos, Moondesk ofrece una serie de reglas que cada empresa puede definir según a los mercados que dirige su producto, frases o expresiones obligatorias, reglamentaciones, requerimientos internos. A su vez, el sistema trae reglas configuradas de forma predeterminada que se considera que son importantes para el control de archivos en general, como en el caso de controlar que no existan dobles espacios, buscar enlaces locales en el documento, duplicados, etc.